北京工商大學研究生教育始于1979年，是1981年被國務院批準為全國首批具有碩士學位授權的單位之一。學校擁有2個國家級檢測中心、1個國家級實驗教學示范中心、2個北京市重點實驗室、1個北京高等學校工程研究中心、3個北京市研究基地、獲批3個省部級協同創新中心、3個北京市高校實驗教學示范中心；擁有北京市重點學科4個，北京市重點建設學科6個。學校現有碩士學位授權點一級學科16個、專業碩士學位授權點16個（其中工程碩士專業領域6個）。